Er is niets veranderd voor de aftrek van de APE-punten omdat de berekeningswijze veranderd is. De APE-punten moeten dus nog steeds van het berekende bedrag in mindering gebracht worden, in verhouding tot de effectief gewerkte tijd. Voorbeeld: wanneer een werknemer voor 75% voor een project wordt ingezet, dan moet 75% van het bedrag van de APEs in mindering gebracht worden van het toegewezen bedrag, dat zelf op basis van de kostprijs per uur berekend wordt.