Eerst moet men de portefeuille aanmaken. Op basis van de gegevens is het de aanmaak van de portefeuille die toelaat om toegangsrechten te verkrijgen voor de opgave van de deelprojecten.
Het is echter mogelijk dat de Stuurgroep vraagt om een projectconcept dat alleen werd ingediend, eraan te koppelen. In dat geval zal het ingediende project a posteriori in de portefeuille opgenomen kunnen worden.

Het is inderdaad de projectleider van het koepelproject die verantwoordelijk is voor de indiening van (het concept van) de portefeuille in de beheerapplicatie. Bij het ingeven van de gegevens is elke projectleider van de deelprojecten echter verantwoordelijk voor de opgave van de gegevens van zijn projectconcept.

Na de evaluatie van de projectconcepten, kan de Stuurgroep aanbevelingen /opmerkingen formuleren. Een van de aanbevelingen kan inderdaad zijn om verschillende projecten te herstructureren tot 1 nieuw project of om verschillende projecten deel te laten uitmaken van een nieuwe of bestaande projectenportefeuille.

De projectleider heeft een belangrijke taak binnen het partnerschap van het project. Niet alleen draagt hij bij tot de projectactiviteiten, hij vervult daarnaast een (inhoudelijk) coördinerende rol over het geheel van de werkpakketten van het project. Daarnaast is de projectleider ook de administratieve spil van een project, zoals bijvoorbeeld voor het sluiten van overeenkomsten en het aanvragen en overmaken van de Europese steun voor het geheel van het partnerschap.

Een investering is op zichzelf zelden grensoverschrijdend omdat deze zich vaak langs de ene of andere kant van de grens bevindt. Het grensoverschrijdende karakter van de investering wordt vooral bepaald op het niveau van de bestemming. De Radar du Nord (weerradar) bijvoorbeeld werd gefinancierd onder Interreg III a en werd in Frankrijk geplaatst maar deze voorziening heeft een zeer brede dekking die zich uitstrekt langs weerszijden van de grens. Deze investering is dan ook grensoverschrijdend door zijn bestemming.

Een Interreg-project het in het verlengde ligt van een vorig project kan inderdaad het acroniem behouden mits dit beperkt is tot 20 tekens. Over het algemeen moet het acroniem, omwille van de communicatie, aanspreken en gemakkelijk te onthouden zijn in het Frans en het Nederlands.

Het is mogelijk dat de verschillende werkpakketten van een project door verschillende projectpartners en op een verschillend geografisch niveau worden uitgevoerd. Dit zal o.a. afhankelijk zijn van de algemene doelstelling van het project en de geografische reikwijdte van de projectactiviteiten/-resultaten. Hierbij is het belangrijk dat de globale geografische impact van het project zoals beschreven in de projectfiche, gerespecteerd blijft.

In beide projectfiches zal per (geassocieerde) projectpartner een beschrijving moeten gegeven worden van de competenties en ervaring die relevant zijn voor het project. Daarnaast dient ook bij de beschrijving van de voorgestelde werkpakketten duidelijk naar voren te komen wat de rol is van de (geassocieerde) projectpartners bij de uitvoering van de activiteiten van het project.

Indien het projectconcept goedgekeurd is na de evaluatieprocedure, zijn enkel aanpassingen toegestaan die ofwel gevraagd worden door de Stuurgroep (beslissingsorgaan), ofwel niet fundamenteel de aard van het project wijzigen.
Aangezien elke projectpartner tijdens de projectconceptfase verplicht is om een geraamd budget op te geven, kan het budget herzien en aangepast worden bij de indiening van het project. Toch moeten de uitgevoerde aanpassingen beperkt blijven en voldoende onderbouwd worden.