Après l’évaluation des pré-projets, le Comité de pilotage peut formuler des recommandations/remarques. Une de ces recommandations peut en effet consister à restructurer plusieurs projets en un nouveau projet ou à intégrer plusieurs projets dans un portefeuille de projets nouveau ou existant.

Un projet Interreg qui s’inscrit dans la continuité d’un précédent peut tout à fait garder son acronyme pour autant qu’il se limite à 20 caractères. De manière générale et pour des raisons évidentes de communication, l’acronyme doit être accrocheur et facilement mémorisable aussi bien en français qu’en néerlandais.

Il est possible que les différents modules de travail d’un projet soient exécutés par différents opérateurs et à un niveau géographique différent. Cela dépendra notamment de l’objectif général du projet et de la portée géographique des activités/résultats du projet. À cet égard, il est important que l’impact géographique global du projet tel que décrit dans la fiche de projet continue d’être respecté.

L’opérateur chef de file a une tâche importante dans le cadre du partenariat du projet. Non seulement il contribue aux activités du projet, mais il remplit en outre un rôle de coordination en ce qui concerne l'ensemble des modules de travail du projet. De plus, l’opérateur chef de file est également le pivot administratif d'un projet, comme par exemple pour la conclusion de contrats, ainsi que pour la demande et le versement de l'aide européenne pour l'ensemble du partenariat.

Il est nécessaire de créer dans un premier temps le portefeuille. Sur la base de données, c’est bien la création du portefeuille qui permet d’obtenir les droits d’accès pour introduire les projets constitutifs.
Toutefois, il est possible que le Comité de pilotage demande le rattachement d’un pré-projet déposé seul à un portefeuille. Dans ce cas, le projet déposé pourra être intégré au portefeuille a posteriori.

C’est bien le chef de file du projet pilote qui est responsable du dépôt du (pré)-portefeuille dans l’application de gestion. Par contre, au niveau de l’encodage, chaque chef de file des projets constitutifs introduit les données de son pré-projet.

Dans les deux fiches de projet, il faudra donner une description des compétences et de l’expérience pertinentes pour le projet par opérateur (y compris pour les associés). En outre, lors de la description des modules de travail proposés, il faut aussi clairement mettre en avant le rôle des opérateurs (associés) dans le cadre de l'exécution des activités du projet.

Dans la mesure où le pré-projet est validé au terme d’un processus d’évaluation, les seules modifications autorisées sont celles qui sont soit, demandées par le Comité de pilotage (instance décisionnelle), soit qui ne sont pas d’ordre à modifier la nature du projet.
Considérant qu’au stade du pré-projet, chaque opérateur est tenu de renseigner une estimation budgétaire, le budget peut être revu et modifié au moment du dépôt du projet. Pour autant, les ajustements opérés doivent rester à la marge et se justifier.

Un investissement en soi est rarement transfrontalier car il se situe bien souvent d'un côté ou de l'autre de la frontière. L'appréciation du caractère transfrontalier de l'investissement se fait au niveau de sa destination. Par exemple, le Radar du Nord (radar météo) financé dans le cadre d'Interreg III a été installé sur le territoire français mais cet équipement a une couverture "radar" très large s'étendant des deux côtés de la frontière. Cet investissement est donc transfrontalier par destination.