Si plusieurs unités (laboratoires de recherche) d’une université souhaitent participer à un projet Interreg, ces laboratoires doivent-ils apparaître comme partenaires indépendants ou sous une seule entité « Université » ?
Le choix, en tant qu'opérateur, de reprendre ou non les deux structures juridiques dans le projet dépend en grande partie de qui paiera les frais dans le cadre du projet et de qui aura par conséquent droit à l’aide européenne. Seule la structure juridique qui paie les dépenses et dont le compte bancaire est débité de ces dépenses peut prétendre à l’aide européenne. Ce n’est que si une des deux entités juridiques effectue des dépenses qu’il est conseillé de faire de cette entité un opérateur. L’entité qui ne prévoit aucune dépense dans le cadre du projet, mais qui prête sa collaboration au projet peut être reprise comme partenaire associé dans le projet.